胚胎两次停止发育且患有生殖器疱疹，这种情况下是可以怀孕的，但需要做好多方面准备和注意事项：

　　生殖器疱疹方面

　　生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒(HSV)引起的性传播疾病。HSV可分为HSV-1和HSV-2型。在怀孕前，需要确保生殖器疱疹病情稳定，减少复发风险：

　　• 治疗与控制病情：积极进行抗病毒治疗，如使用阿昔洛韦、伐昔洛韦等药物。规律用药，按照疗程治疗，以控制病情，减少病毒的潜伏和复发。

　　• 病情监测：定期复查，监测病毒的活跃情况。可以通过检测HSV抗体、病毒核酸等指标，了解体内病毒状态。在病情稳定，疱疹症状完全消失，且连续一段时间复查病毒检测为阴性后，再考虑怀孕。

　　胚胎停育方面

　　连续两次胚胎停育属于复发性流产，需要对病因进行全面排查并针对性处理：

　　• 染色体检查：夫妻双方进行染色体检查，排查是否存在染色体数目或结构异常。如果存在染色体问题，可能需要咨询遗传专家，考虑通过辅助生殖技术(如第三代试管婴儿)等手段来提高受孕成功率和胎儿健康率。

　　• 内分泌检查：检测性激素六项、甲状腺功能等，了解内分泌状态。因为内分泌失调，如多囊卵巢综合征、甲状腺功能异常等，都可能影响胚胎的正常发育。若存在内分泌问题，需进行相应的治疗和调理，使激素水平恢复正常。

　　• 免疫因素检查：排查是否存在自身免疫性疾病，如抗磷脂综合征等。可进行相关抗体检测，如抗心磷脂抗体、抗β2-糖蛋白1抗体等。如果存在免疫异常，可能需要在医生指导下使用免疫调节药物进行治疗。

　　• 子宫因素检查：通过超声、宫腔镜等检查，了解子宫形态、内膜厚度及是否存在子宫畸形、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等病变。若存在子宫问题，可能需要根据具体情况进行手术治疗或药物调理。

　　在准备怀孕前，建议夫妻双方前往正规医院的生殖医学科或妇产科进行全面的孕前咨询和检查，制定个性化的备孕方案。在备孕期间，要保持健康的生活方式，包括均衡饮食、适量运动、戒烟戒酒、规律作息等，以提高身体素质和受孕几率。